Die Geschichte der Universität Mozarteum Salzburg geht auf das Jahr 1841 zurück. Zum fünfzigsten Todestag Wolfgang Amadeus Mozarts wurden in Salzburg der Dommusikverein und das Mozarteum gegründet. Dies geschah zu einer Zeit, in der es um die Pflege der Musik in Salzburg schlecht bestellt war. Grund für diese Sitution war der Nachwuchsmangel an Instrumentalisten. Das Mozarteum sollte einen Aufschwung herbeiführen. Zunächst war es in erster Linie als Konservatorium zur Heranbildung junger Musiker für den kirchlichen Dienst am Salzburger Dom gedacht. Zu den Gründungszielen zählte auch die Veranstaltung von Konzerten, dazu mussten Musiker engagiert und entlohnt werden. Des Weiteren wurden Stipendien an begabte Studenten des Konservatoriums verteilt.
Der grosse Saal
Im Jahr 1870 wurde schließlich die Internationale Mozartstiftung zur Förderung begabter Musiker ins Leben gerufen. 1880 wurde nach den früheren einfachen Schulformen die Öffentliche Musikschule Mozarteum gegründet. Sie wurde 1881 zu der Internationalen Mozartstiftung. Zu diesem Anlaß änderte die Stiftung ihren Namen in "Internationale Stiftung Mozarteum". 1914 wurde die Öffentliche Musikschule Mozarteum als Konservatorium mit Öffentlichkeitsrecht anerkannt. 1922 wurde das Konservatorium aus Kostengründen verstaatlicht und 1939 in die Reichshochschule Mozarteum umgewandelt. Ende des zweiten Weltkrieges wurde das Mozarteum vorübergehend unter dem Titel "Musikhochschule" weitergeführt. 1953 wurde die Musikhochschule zur Akademie für Musik und darstellende Kunst "Mozarteum" in Salzburg. 1970 wurde die Akademie wiederum zur Hochschule ernannt. 1998 ging schließlich aus der ehemaligen Musikschule die nun bekannte Universität Mozarteum Salzburg hervor.
Unter den Ehrenmitgliedern, ehemaligen Schülern und Professoren finden sich unter anderem Herbert von Karajan, Carl Orff, Hans Leygraf, Karl-Heinz Kämmerling, Rolf Liebermann, Franz Ledwinka, Felix Petyrek, Adriana Hölszky und Herbert Feuerstein. Rektor des Mozarteum Salzburg ist seit dem 1. Oktober 2006 Prof. Reinhart von Gutzeit. Er wurde 2010 für 4 weitere Jahre wiedergewählt.